La secretaría de la EIRD se instituyó como una estructura flexible y cuenta con un personal esencial compuesto por un pequeño grupo de funcionarios principales, a cargo de un director bajo la autoridad del Subsecretario General para Asuntos Humanitarios. También se contratan a funcionarios adicionales con base en el financiamiento especial disponible para actividades específicas que desarrolle la secretaría, con relación a sus funciones claves. La secretaría de la EIRD está financiada exclusivamente a través de contribuciones voluntarias.

Funciones y responsabilidades según lo estableció el Informe del Secretario General A/54/497:

Fungir como el punto de enlace dentro del Sistema de la ONU para coordinar estrategias y programas para la reducción de desastres, y garantizar sinergias entre las estrategias para la reducción de desastres y las existentes en los campos socioeconómico y humanitario:

• Apoyar al Equipo Interinstitucional de Trabajo en el desarrollo de políticas para la reducción de desastres.
• Promover, a nivel mundial, una cultura de reducción de los efectos negativos de los peligros naturales a través de campañas de promoción.
• Fungir como centro internacional de distribución para la diseminación e intercambio de información y conocimiento sobre estrategias para la reducción de desastres.
• Brindar servicios de apoyo a los comités nacionales para la reducción de desastres naturales mediante actividades de políticas y promoción.

Financiamiento de la EIRD
La secretaría de la EIRD recaudará fondos para cubrir los costos de las funciones asignadas y de una serie de actividades escogidas y emprendidas bajo su auspicio, en colaboración con otras instituciones socias. Los fondos recaudados de esta forma serán canalizados a través del fideicomiso de la EIRD establecido para este fin.

Planes Estratégicos Anuales de Acción
La secretaría le brindará apoyo al proceso de implementación de la EIRD mediante la formulación de planes estratégicos anuales de acción/trabajo, planteando actividades fundamentales realizadas durante períodos establecidos.